自然生态保护
生物多样性保护
围绕区域物种资源保护、管理及可持续开发利用，在江苏省内盐城、南通等沿海滩涂区域，盱眙、金坛、溧阳等内陆丘陵区域，以及洪泽湖、太湖等淡水湿地区域，开展区域生物多样性调查、评估和监测，获取区域生物多样性本底现状，特别关注濒危物种、有经济价值物种的受威胁状况和保护成效，外来入侵物种的分布及种群发展趋势，有针对性地提出保护或治理对策，为全省生物多样性保护和生态安全保障提供有力的技术支撑。
重点研究方向：
区域陆生野生动物资源调查
重点保护植物和有经济价值植物资源调查
外来入侵物种调查及监测预警和综合防控研究
湿地滩涂水鸟在线监控系统研发
淡水水生态在线监控系统研发
主要研究成果：
华东地区快速城市化背景下的典型丘陵区生物多样性保育研究
盐城市生物多样性调查及5条主要河流淡水水生生物多样性调查
南通沿江三县两区（如皋、海门、启东、崇川、港闸）生物多样性调查
江苏沿海海上风电对湿地珍禽影响的跟踪调查研究
金坛市生物多样性保护研究
借助红外相机开展生物多样性调查
我院在盐城大丰滩涂湿地利用红外相机发现的野生豹猫
损害生境修复
围绕各类因自然灾害、上游及周边区域自然本底条件变化或人类不合理的开发建设活动等原因导致生境受到损害的沿海滩涂、内陆湖泊、河道沟渠等，开展生态修复研究和实践，不仅致力于解决水体黑臭问题、改善水环境质量，而且充分利用各类本地资源，采用减缓、补偿、重建等多种手段恢复生境原有生物群落，使其重新拥有较为稳定的生态系统，具备自净、自持、自新能力，可继续为各类珍稀濒危物种提供栖息地、产卵场和觅食地，保障区域生态安全。
重点研究方向：
沿海滩涂湿地珍禽栖息地生态修复；
黑臭河道生态修复；
藻型淡水湖泊湿地生态修复。
研究成果：
淮河流域水质改善与水生态修复技术研究与综合示范（国家水专项）
太湖入湖河流——望虞河西岸清水廊道构建和生态保障技术研发与工程示范（国家水专项）
南黄海辐射沙洲开放式养殖区珍禽栖息地保护与利用协调发展机制研究；
江苏沿海滩涂区典型光伏发电和风电场生态影响后评估与生态修复模式研究；
典型闸控泄洪河道生态修复模式研究。
我院设计的光伏发电场生境修复方案效果图
生境修复区竣工后来区内越冬的丹顶鹤家庭
自然保护区科研与管理
围绕华东地区特别是江苏省内各级自然保护区，开展长期生态观测，重点研究保护区多年生境演变驱动力及其与野生动物、特别是候鸟种群组分和数量之间的关联关系，揭示其中规律性内容，为科学规范的管理保护区提供智力支撑。
研究成果：
江苏盐城国家级珍禽自然保护区南缓冲区生境提升模式研究；
高速铁路穿越华东地区森林自然保护区的生态影响及减缓措施研究；
传统农业生产（种植业、水产养殖业和畜禽养殖业）对滩涂型自然保护区的生态影响途径研究；
徐州市贾汪大洞山森林生态系统市级自然保护区科考报告、总体规划和范围调整论证研究。
与盐城珍禽保护区联合开展东沙实验区湿地水鸟观测
盐城珍禽保护区河道生境提升模式之栖息地营造